Cylonerna skapades av människorna. De utvecklades. De gjorde uppror.
40 år efter det första cylonkriget återvände cylonerna och krossade de 12 kolonierna. Med nöd och näppe kom ålderstigna Battlestar Galactica och några civila skepp undan och försöker nu hitta legendens trettonde människostam - en planet som kallas jorden.
Efter månader av skoningslös cylonförföljelse har Battlestar Galactica och den underordnade koloniala flottan lyckats återförenas med Battlestar Pegasus som också överlevt cylonernas attack. Tillsammans lyckades de slå tillbaka och förinta cylonflottans återuppståndelseskepp.
Efter att ha förlorat sitt återuppståndelseskepp startar cylonerna ett ursinnig, massivt motangrepp på den koloniala flottan. Kolonialsidan överrumplas och försöker hoppa för att överleva, men något går snett. Båda flottornas FTL-motorer får en överladdning av en massiv energivåg. Den utlöser ett okontrollerat hopp som för dem bort från kursen.
I Battlestar Galactic Online är både den koloniala och den cylonska flottan strandad i en okänd del av universum i galaxens utkant. Båda flottorna är svårt skadade och har mycket ont om råvaror. Det är en kapplöpning mot klockan för att hinna reparera och utrusta skeppen medan man krigar om makten över system där det finns Tylium, metall och vatten. Den koloniala flottan letar desperat efter en utväg och fortsätter sökandet efter jorden medan cylonerna samlar kraft för att utplåna dem en gång för alla.
